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269年（泰始五年），司马炎除任命大将军卫瓘、司马伷分镇临淄、下邳，加强对孙吴的军事布置以外，又特地调任羊祜为荆州诸军都督，假节，并保留他散骑常侍、卫将军原官不变。当时，西晋和孙吴各有一个荆州，形成南北对峙局面。西晋的荆州包括今天的陕西、河南的一小部分和湖北北部地区。吴国的荆州则有今天的湖北和湖南的大部分地区。晋吴间的边界线以荆州为最长，所以这里是灭吴战争的关键地区。

羊祜到任后，发现荆州的形势并不稳固。不但百姓的生活不够安定，就连戍兵的军粮也不充足。于是，羊祜首先把精力放在开发荆州方面。羊祜大量开办学校，兴办教育，安抚百姓，怀来远人。并与吴国人开诚相待，凡投降之人，去留可由自己决定。还禁止拆毁旧官署。当时风俗，官长如果死在官署之中，后继者便说居地不吉，往往拆毁旧府，另行修建。羊祜认为，死生有命，不在居室，命令下属，一律禁止。最主要的是设计使吴国撤掉了对襄阳威胁最大的石城驻军，吴国石城驻军离襄阳七百多里，常常侵扰边境。羊祜深以为患，于是巧用计谋，使吴国撤销了守备。然后羊祜他把军队分作两半，一半执行巡逻戍守的军事任务，一半垦田。当年，全军共垦田八百余顷。羊祜刚来时，军队连一百天的粮食都没有，到后来，粮食积蓄可用十年。羊祜的这些措施迅速地安定了荆州的社会秩序，增强了军队的战斗力。晋武帝为表彰他的功绩，下令取消江北所有的都督建置，授予羊祜南中郎将的职务，负责指挥汉东江夏地区的全部军队。

羊祜在军中，常穿着轻暖的皮裘，系着宽缓的衣带，不穿铠甲。铃阁之下，应命侍卫的士卒也不过十几个人。并且，喜欢打猎钓鱼，常常因此荒废公务。有一天夜晚，他想出营，军司马徐胤手持柴戟挡住营门说：“将军都督万里疆域，哪能这样轻心放纵，将军的安危也就是国家的安危。除非我死了，今夜此门才得开。”羊祜正色改容，连连道歉，从此很少外出。[8]

不久，羊祜又被加封为车骑将军，并受到开府如三司之仪的特殊待遇。羊祜上表固辞：“臣恭敬地看到加恩的诏书下来，提拔臣与三公同等，臣自出仕以来才十几年，接受内外重任，官职显赫而重要，臣常常因为自己的才智不能上进，不可久居过当的恩宠而日夜战栗不安，荣耀变成了忧愁。臣听说过古人之言，品德还没有为众人心服而受高爵，就会使有才之臣不能奋进;功业没有使众人归附而享受厚禄，就不会使愿为国家出力的臣民受到鼓励。如今臣身为外戚，做事的成败关系到国家时局，应警惕过多的恩宠，并不忧虑被朝廷遗忘。而宫中之诏枉发，给予臣超常的荣誉，臣有何功可以担当呢？于心怎安呢？身居不称的高位，不久将会跌落下来，到那时想守住先人的陋室，也不可能了。违抗诏命，是触犯天子威严；曲心从命，又是如此犯难。古人有知过必举的见知法，大臣之节，能进则进，不可进则止。臣虽属小人之辈，也想缘用前人所诫，不忘此义。现在天下归服于晋已经八年，天子虽坐于侧席以延揽贤才，乡鄙贱人无所遗漏，然而臣不能推举有德之人，引荐有功之士，使陛下知道胜过臣的人还多，没有进入仕途的贤人还不少。假若还有像傅说那样的贤人被遗忘在筑墙者的行列，有像吕尚那样的才士被遗忘在屠市垂钓的场所，而朝中议事者不以枉用臣为非，臣居高位而又无愧，这样不是损失太大了吗？臣窃居官位虽然很久，从未像今天这样兼任文武要职受朝廷信任，居等同宰相的高位。况且，臣所见虽然狭小，光禄大夫李熹有高风亮节，行为公允正直；光禄大夫鲁芝，洁身寡欲，与人和谐而不苟同；光禄大夫李胤，清廉简朴而坦诚，身在朝廷，效力国家，守君臣之礼至老不渝。他们虽历任内外要职，而清廉简朴如贫寒人家，但都没有荣获我这样的宠位，臣超过他们，怎能满足天下人的期望，稍增日月之光呢？因此，臣决心守此臣节，不愿苟得高位。当今天下统一的道路尚未畅通，边陲战事时有发生，乞求保持原来的职务，使臣能迅速回到荆州屯垦戍边，不然的话，在京城留连日久，必然于对付敌国方面考虑不周。匹夫之志，有时也不可强夺。”

但朝廷未同意他的辞让。这一年，羊祜四十九岁。