建安元年（196年）七月，献帝辗转流亡，回到了已成为废墟的洛阳，最后被曹操迎奉到许都。张济因军中缺粮，出兵到南阳掠夺，攻打穰城，战死，余部由侄子张绣率领，驻扎在宛城。

建安二年（197年），左将军刘备诱杀杨奉。汉献帝在曹阳逃过一劫后，贾诩离开了李傕，投奔段煨，不久后又归张绣。郭汜被自己的部将伍习杀死，余部被李傕兼并。冬十月，曹操派谒者仆射裴茂率领关中诸将段煨等讨伐李傕。

建安三年（198年）四月，李傕被诛杀，曹操下令夷灭三族。首级献给曹操后，献帝命令高挂在许都示众，表达他对李傕的强烈痛恨。

李傕和郭汜之乱终于结束了。