可是，为吕布参谋的是曹操的谋臣陈宫，他很熟悉曹操的战法，知道曹操一贯擅长在会战前以奇袭方式消灭敌人的前锋或偏师，以在声势上取得压倒性优势，所以，在得到偏师被迅速消灭的消息后马上准确的判断出：只有曹操才会如此行动，曹操必然奇袭队中，而且人数不会很多。所以，马上要求吕布以全军出击，围歼曹操。凯旋的曹操立刻陷入了重围！曹军据险布阵防御，吕布军疯狂的进攻。战事进行的相当残酷，曹操和吕布都亲自上阵搏杀，从早晨到中午，吕布军连续突击了数十次，仍然无法打破曹军的防守，双方都死伤惨重。

曹操兵少，再这么相持下去，必然会被歼灭，便征集敢死队突击，希望能杀开一条血路。司马(侍卫队长)典韦率领敢死队，每人穿两副铠甲，只带长矛不带盾牌，全力向前冲。但没冲多远便被吕布军的箭雨压制住而停了下来，趴在地上躲避。吕布军见状，便发动了反冲锋。典韦毫无惧色，对手下说：“敌人到十步距离的时候告诉我。”……左右说：“十步了1典韦又说：“五步时再说。”……左右紧张的大喊：“已经到面前啦1典韦立即起身，持戟大声呼喝着冲向敌人，见人就刺，挡在他面前的敌军无不应手而倒，吕布军士气大挫，纷纷退避。很快，包围圈就被冲开了一个缺口。这时候，夜幕降临，曹操率军跟在典韦的敢死队后面，杀出了重围。

灰头土脸回到大营的曹操意外的得到了濮阳大富翁田氏的内应承诺。于是，立刻带兵进攻濮阳，曹军由东门源源不断的蜂拥而入。为了激励士气，曹操烧掉了东门，表示了决不返回，全取濮阳的决心。吕布也不示弱，在城里摆开阵势，同曹军展开巷战。双方一接触，曹操左翼的青州军便被吕布军凶残的肉搏打垮，迅速溃败，带动曹军的阵脚大乱，曹操当机立断，放弃本阵，向后撤退。混乱中，曹操被吕布的部下抓获，由于吕布的部下不认识曹操，便问：“曹操在哪里？”曹操急中生智，胡乱指着前面说：“骑黄马的那个就是。”吕布的部下马上抛开曹操，去追骑黄马的将领去了。曹操幸运脱险，立刻掉头向燃烧中的东门突围而出。他的左手受到严重的烧伤，无法抓紧马缰，几乎掉下马来，幸亏侍从楼异上前扶住，才得以顺利逃出。曹操逃回本营后仍然不休息，立刻亲自劳军，慰问败退回来的军队，命令全军马上制造攻城武器，再度领军攻到濮阳城下。

吕布和陈宫猜测曹操遭此败后必然士气大挫，正准备乘胜追击，结果发现曹军又来了。两人惊诧的面面相觑，不明白这是怎么回事--明明是曹操连败两场，几乎被完全打垮啊，可对方还有这么旺盛的斗志，怎么看都象是自己连败了两场呀！畏惧之下，吕布根本不敢出战，一味的加强城防。双方相持了百多天，都无法撼动对方分毫。这时遇到了蝗灾，吕布军粮用尽，只好退军，曹操也因为同样的原因无法占据濮阳，暂时退军回了鄄城。

同年十月，在蝗灾的打击下，粮食严重短缺的曹军面对解体的危险。袁绍派人来劝说曹操以家属为人质去投靠他。曹操看到兖州收回无期，军队毫无斗志，准备接受袁绍的建议，投靠袁氏。

这时候，又是程昱，表示了强烈的反对：“难道曹将军真得为眼下得困难感到害怕了？为何有如此欠缺考虑的想法呢？袁绍早有吞并天下的野心，只是其本身智谋不足，所以一直做不到埃对于这种人，将军您真以为能自甘其下吗？将军有龙虎之威，怎么可以成为韩信，彭越那样的人呢？现在兖州虽然不完全了，但我们还有三座城池，能征惯战的将士还不下万人。以将军的武功谋略，加上荀彧和我程昱的辅佐，一定可以完成霸业的，希望将军能再审慎的考虑一番呀1曹操听后很感动，就放弃了投靠袁绍的错误念头。

兴平二年(195年)春天，缓过气来的曹操亲自进攻当时吕布驻军山阳的邻城定陶，并派曹仁攻打句阳，以期达到孤立吕布的目的。结果成功迫使吕布后退。夏天，吕布决定反扑，派薛兰，李封屯兵巨野，准备以此吸引曹操的主力，自己率领大军随时准备接应。但他的这个如意算盘被曹操看透，他派曹仁攻打巨野，给人以曹操本人在曹仁军中的错误感觉。吕布果然上当，率轻骑赶往巨野，准备合击曹军主力。结果在半路上遇到了曹操的伏兵，大败而逃。曹操乘势以全军攻击薛兰李封军，薛李军被前后夹击，战事很快就演变成了一场屠杀，薛李全军被歼----曹操对吕布首次取得了重大胜利。

这时候，败退中的吕布与陈宫部会合，聚集到一万多部队。两人一合计，决定打敌人一个措手不及，于是转身又来战曹操。曹操没想到吕布回来的这么快，之前已经让各部队分散出去收集粮草去了，驻扎在巨野的中军只有一千来人。仓促间，曹操大胆的采取了"空城计"，把全部的一千人统统列阵于营外虚张声势，吕布陈宫观察到曹操大营西边有个大堤，南边有大片的树林，又见曹操的有恃无恐状，料想对方肯定有伏兵，便就地扎营，着力于巩固防御阵地，不敢贸然进攻。曹操当晚连夜调回了大量的部队，全部埋伏到大堤下，作好了打败吕布军的准备。而吕布得到报告，才知道曹操昨天的举动不过是虚张声势而已，心里很后悔，第二天一早便主动进攻。

他大模大样的率领骑兵直接突击堤上的曹军中军，结果曹军伏兵大出，吕布军出其不意，大溃，退回本阵才勉强稳住了阵脚。晚上，由于害怕在与曹军的决战中被全歼，吕布便连夜逃走，与陈宫一起，放弃了兖州，投靠徐州的刘备去了。

取得巨野会战决定性胜利的曹操，顺利拿下了定陶城，并分兵平定了叛变的诸郡县。十二月，攻陷雍丘，由于攻城花了五个月之久，曹操展开了血腥的杀戮，张邈灭族。张邈本人在去投靠袁术的途中被部下杀害。这样，从张邈陈宫叛变到曹操收回失地，前后共花了一年多的时间。

在这场战争中，曹操的表现非常出色，他在连续失败中没有气馁，屡败屡战，以燎原烈火一样的疯狂热情激励出了全军的斗志，虽然身处逆境，但在气势上完全压倒了吕布，最终取得了战争的胜利。所以说，这次胜利，是曹操意志的胜利！

还好曹操在关键的时候没有放弃，听从了谋士的劝解，坚持与天下第一枭将吕布和智谋陈宫的作战，终于打败了吕布，使得吕布败走徐州，曹操也完整地重新得到自己的根据地，没有成为与刘备一样到处依附，受制于人，不然的话历史会重新改写。