南京陷落后，金百合行动的第一批执行者是宪兵队。被调遣来的宪兵特别行动小队四处搜查，扣压所有中国政府的财产，炸开银行的库房、抢劫富家及中产阶级的商人和其他人士的黄金、宝石、珠宝、艺术品和货币。据说，在这一阶段，秘密宪兵至少收集了6000吨黄金。

日本在掠夺中极为重视具体细节，其中一个重要的例证是，当时有一支经过精心挑选的，对珍贵书籍和文稿有专门知识的搜集文物的特别行动组织。其中一些是日莲宗的和尚，他们的任务是在图书馆、博物馆、私人藏书或寺院的佛经里挑选这类书，然后把这些珍宝运到东京。在掠夺前，他们已在中国四处游历，与私人收藏者交朋友，编制了最珍贵书籍和文稿的目录。

南京大屠杀之后，1000多名这样的专家来到南京，开始从珍贵的藏书和文稿中挑选。尽管南京相当一部分已成为废墟，但储藏这些书籍的建筑则处在严密的安全保护下。日本的皇家图书馆有优先挑选的权力，最珍贵的物品被挑出供天皇亲自过目。每一件东西都被仔细地编号、打包，然后放入防水的箱子里。他们还编制并复制了多本详细的目录，以确保在运往日本的途中不会丢失任何东西。大约00名中国劳工为物品打包，400名日本士兵监督他们的工作，用了00多辆卡车把这些箱子运往上海，然后装船。

作为日本对外侵略的受害国，中国的受害者比其他任何民族和国家都要多得多。在1895年至1945年间，同其他地方相比，日本从中国掠夺的财宝最多。日本对中国的掠夺从东北开始，然后波及上海、南京和全国数百个城镇，中国价值数十亿美元的金块、财宝、钻石、色彩多样的宝石、瓷器、艺术品、远古化石、无价的线装典籍、宗教文物和祖传宝贝都成了日本人的囊中之物。